Nombre Parcourir:0 auteur:Éditeur du site publier Temps: 2023-01-19 origine:Propulsé
En janvier 2023, le laboratoire du ministère de la Santé du Burkina Faso a publié un article ' Évaluation comparative du Système de purification automatisé de Kingfisher Flex 96 (ThermoFisher Scientific) et manuelle QIAAmp Viral ARN Mini Kit (Qiagen) Méthodes d'extraction pour SARS-COV-2 ' sur African Journal of Clinical and Experoal.
Cette étude explore l'établissement d'un nouveau système de détection Covid-19, en utilisant un kit sans extraction Covid-19 de Rainsure pour comparer l'efficacité de deux plates-formes d'extraction d'acide nucléique, Qiagen et Kingfisher, se concentrant sur la détection moléculaire rapide de l'infection Covid-19. Et en tant que méthode clinique importante de détection des agents pathogènes, pour assurer un dépistage et un diagnostic rapides et précis des patients atteints d'infection COVID-19. Les résultats de cette étude montrent que la méthode d'extraction automatique du système de purification de la flexion de Kingfisher 96 (thermofisher) est moins sensible et spécifique que la méthode d'extraction manuelle du kit ARN viral QIAAmp (Qiagen).
Titre: Évaluation comparative du système de purification automatisé de Kingfisher Flex 96 (ThermoFisher Scientific) et manuel du kit d'extraction d'ARN viral QIAAmp (Qiagen) pour SARS-COV-2
Journal: ' African Journal of Clinical and Experimental Microbiology '
Unité: Ministère de la Santé du Burkina Faso
Publié: janvier 2023
Plateforme de recherche: Kit gratuit de la NOUVEAU CORONAIRE EXTRACTION
L'efficacité d'extraction de l'acide nucléique des échantillons SARS-COV-2 affecte directement la qualité des résultats des tests en chaîne en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR), conduisant à des erreurs dans le diagnostic de la nouvelle pneumonie coronarienne. L'objectif de cette étude transversale était d'évaluer les performances de diagnostic du système automatisé du système de purification de la flexion de Kingfisher Flex 96 (thermofisher) par rapport à la méthode d'extraction manuelle du kit ARN viral QIAAmp (Qiagen).
De l'octobre à décembre 2020, des spécimens ont été collectés dans les cas suspects ou contacts suspects du Burkina Faso ou des contacts de patients atteints de coronavirus, et 159 échantillons d'écouvillons nasopharyngés frais et 120 échantillons d'écouvillon nasopharyngé congelés ont été testés. Le kit de détection de déteste Covid 19 Covid 19 de Covid 19 de Triplex 1-étape de Rainsure (RT-PCR, sans extraction d'ARN) a été utilisé pour détecter les produits extraits par les deux méthodes, et l'amplification par PCR a été terminée dans Thermal Cycler de QuanStudio5 (Applied Biosystems). L'analyse des performances diagnostiques de la détection RT-PCR RT-COV-2 après extraction d'ARN par les deux méthodes a été terminée à l'aide du logiciel OpenEPI en ligne (Fig. 1).
Figure 1: Tableau d'écoulement des étapes d'analyse pour les échantillons frais (a) et gelé (b)
Le kit de détection FastPxxtM Triplex à 1 étape Covid 19 (RT-PCR, sans extraction d'ARN) est utilisé pour amplifier le système de purification de Kingfisher Flex 96 (thermofisher) et les ARN Viral MINI MINI (QIAGEN) sur la même plaque de PCR) deux ARN obtenus par deux méthodes, les cibles de gènes du kit d'amplification incluent: ORF1AB (FAMFOR colorant) et référence interne (colorant fluorescent Cy5) (tableau 1).
Tableau 1: Tableau de résultats RT-PCR
Pour les échantillons frais, l'étude a révélé que le taux positif de RT-PCR après extraction manuelle était légèrement plus élevé que celui de l'extraction automatique (12,6% contre 9,4%). Pour les échantillons congelés, le taux positif d'extraction manuelle était beaucoup plus élevé que la méthode d'extraction automatisée (38,33% vs 20,83%). Les résultats ont montré que la méthode d'extraction automatique était moins efficace que l'extraction manuelle pour les échantillons frais (sensibilité 35%, spécificité 94,2%) et des échantillons congelés (sensibilité 43,5%, spécificité 93,2%). Cependant, après le test de McNemar avec la correction de Yates, pour les échantillons frais, il n'y avait pas de différence significative dans le taux positif de RT-PCR entre les deux méthodes d'extraction (x2 = 0,76, p = 0,38), tandis qu'il y avait une différence significative dans les échantillons congelés (x2 = 12,9, p = 0,0003).
L'étude a révélé que le taux positif RT-PCR de l'extraction manuelle d'échantillons frais (12,6%, 20/159) était légèrement plus élevé que celui de l'extraction automatique (9,4%, 15/159). Sept échantillons (4,4%) étaient positifs dans les extractions manuelles et automatisées, tandis que 131 échantillons (82,4%) étaient négatifs. Comparé à l'extraction manuelle, la spécificité de l'extraction automatique était de 94,2%, la sensibilité était de 35,0%, le PPV des échantillons frais était de 46,7% et le NPV était de 90,9%, mais en utilisant le test de McNemar avec la correction de Yates, il n'y avait pas de différence entre les deux méthodes d'extraction pour des échantillons frais. Différence significative (x2 = 0,76, p = 0,38) (tableau 2A).
Tableau 2A: Évaluation comparative des résultats RT-PCR après extraction automatique et manuelle d'échantillons frais
Pour les échantillons congelés, il y avait une différence significative dans le taux positif de RT-PCR, parmi lequel la méthode d'extraction manuelle était (38,33%, 46/120), et la méthode d'extraction automatique était (20,83%, 25/120) (x2 = 12,9, p = 0,0003). Vingt échantillons (16,7%) étaient positifs dans les extractions manuelles et automatisées, tandis que 69 échantillons étaient négatifs (57,5%). Par rapport à l'extraction manuelle, l'extraction automatique avait une spécificité de 93,24%, une sensibilité de 43,48%, un PPV de 80,0% et une VAN de 72,63% (tableau 2B).
Tableau 2B: Évaluation comparative des résultats RT-PCR après extraction automatique et manuelle des échantillons congelés
Pour les échantillons frais, le système d'extraction automatique du système de purification de la flexion Kingfisher 96 (thermofisher) par rapport à la méthode d'extraction de l'ARN viral Viral QIAAMP (QIAGEN), les plis d'amplification des gènes ORF1AB et N étaient respectivement de 2,36 et 0,81 fois, ce qui était statistiquement significatif. Cependant, il n'y avait pas de différence significative entre les deux dans la valeur CT moyenne du gène N (p = 0,1319). De plus, il n'y avait pas de différence significative entre les valeurs CT moyennes des gènes de référence internes (p = 0,4939) (tableau 3).
Tableau 3: Valeurs CT moyennes du gène SARS-COV-2 RT-PCR après extraction d'échantillons frais et congelés
Par rapport à la méthode d'extraction manuelle du kit ARN viral de Qiaamp Mini (Qiagen), le système de purification automatique du système d'extraction automatique Kingfisher 96 (thermofisher) n'a pas de différence significative dans la valeur CT moyenne de l'ORF1AB (p = 0,09885). De même, il n'y avait pas de différence significative entre les valeurs CT moyennes de n gènes entre les deux extraits automatiquement (P = 0,0594). De plus, il n'y avait pas de différence significative entre les valeurs CT moyennes des gènes de référence internes (p = 0,1045) (tableau 3).
Les résultats de cette étude ont montré que le système automatisé du système de purification de la flexion de Kingfisher Flex 96 (thermofisher) était moins sensible et spécifique que la méthode d'extraction manuelle ARN virale Qiaamp (QIAGEN). Ces données peuvent être utilisées comme informations de guidage pour les laboratoires afin de choisir des méthodes d'extraction d'ARN pour la détection RT-PCR de SARS-COV-2.
